En virtud de las declaraciones de Jaime Villanueva, exasesor de Patricia Benavides, se confirma que la ex titular del Ministerio Público orquestaba en conjunto con el jefe de la Autoridad Nacional de Control (ANC), Juan Antonio Fernández Jerí, medidas disciplinarias contra fiscales que no se alineaban con sus objetivos. A pesar de la autonomía de la ANC, que no admite intervenciones externas, se destaca su dependencia económica de los fondos administrados por la Fiscalía.
Según informes, Villanueva actuaba como intermediario entre Fernández y Benavides para facilitar la destitución de Rafael Vela, coordinador del equipo especial Lava Jato, quien se convirtió en la primera víctima de esta manipulación. Fernández, inicialmente indeciso debido a una posible amistad entre Benavides y un fiscal supremo, finalmente optó por iniciar un proceso disciplinario contra Vela.
Las reuniones estratégicas entre Villanueva y Fernández se llevaban a cabo fuera de las instalaciones del Ministerio Público, evitando evidencias de intervención oficial. El resultado fue la suspensión de Vela por ocho meses debido a críticas emitidas en 2020, seguido por un plan similar dirigido a la fiscal Maríta Barreto, coordinadora del Equipo Especial de Fiscales Contra la Corrupción del Poder (Eficcop).
El jefe de la ANC, Fernández Jerí, asumió el cargo en septiembre de 2022, y su historial incluye reuniones con asesores del Congreso, así como encuentros con líderes de partidos políticos bajo investigación. Además, la Contraloría General de la República ha señalado irregularidades en su designación, aún pendientes de resolución.
En medio de estas revelaciones, Patricia Benavides enfrenta investigaciones por presuntamente liderar una organización criminal con el objetivo de influir en la remoción de la fiscal suprema Zoraida Ávalos, los miembros de la Junta Nacional de Justicia (JNJ) y la designación del Defensor del Pueblo, José Gutiérrez.
